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La secuenciación del genoma de las angiospermas (plantas con flores) siempre ha sido difícil, a pesar del advenimiento de nuevas técnicas y la disminución en los costos de la secuenciación. La generación de las secuencias y el ensamblado de los genomas complejos representan un gran desafío para los científicos. En este sentido, el genoma del algodón no es la excepción. La secuenciación del genoma de las angiospermas (plantas con flores) siempre ha sido difícil, a pesar del advenimiento de nuevas técnicas y la disminución en los costos de la secuenciación. La generación de las secuencias y el ensamblado de los genomas complejos representan un gran desafío para los científicos. En este sentido, el genoma del algodón no es la excepción. Un consorcio internacional de científicos se ha reunido para desarrollar estrategias y avanzar con este objetivo. Por suerte, ya hay más de 350.000 secuencias correspondientes al genoma del algodón guardadas en la base de datos GenBank. Además, el algodón pertenece al orden Malvales, bastante cercano a Arabidopsis, la planta modelo cuyo genoma ya fue secuenciado y bien caracterizado. Como las especies agrupadas en el género Gossypium (algodón) varían en el tamaño de sus genomas y número de cromosomas, es importante elegir cual será la especie representativa para secuenciar su genoma. La secuencia del genoma del algodón no sólo ayudará en el mejoramiento de las variedades sino también en la investigación científica en las áreas de evolución de los genomas, diferenciación y desarrollo celular, biosíntesis de celulosa y de la pared celular, y poliploidización (generación de varias copias del genoma). Se pueden ver los objetivos, herramientas y alcances del proyecto en la revista Plant Physiology.